食物是爆发媒介,而非原因

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©Jazmine | AdobeStock

全基因组测序(WGS)是一种功能强大的新工具,正在颠覆传统的食源性疾病暴发识别和调查。的 2018年4月的农产品生产专栏 对“暴发”的定义提出了挑战,因为我们现在通过WGS知道,在很长一段时间内,食物可能与看似零星的但联系在一起的疾病病例有关。

最近的暴发使WGS揭示了病原体的地理环境环境来源的能力,这些病原体理论上可以污染某个区域中生长的各种农产品。我们是否应该继续将“暴发”与仅一种食物引起的疾病联系起来?如果WGS显示在一次事件中多种食物可能受到污染,那么当前的流行病学方法是否合适?我们的爆发调查和监管政策方法能否赶上这种变化的范式?

越来越明显的是,人们可能会从各种各样的食物媒介中生病,而这些食物媒介又与一次污染事件有关。当前的患者访谈,调查和追溯模型似乎假设单一食物来源,单一生物来源。但是,似乎经常有多种来源,季节性地方病流行趋势,多克隆爆发-这不是您祖母的周日教堂早午餐!

由于历史上一直以食物为“原因”来进行暴发调查,因此在调查开始时就非常依赖于询问人们所吃的东西。如果我们将食物视为媒介,这可能会导致思想更加开放,因为“原因”比食物更远,并且有可能将多种食物作为媒介。

爆发调查过程通常被描述为“三足凳”,包括流行病学,实验室分析(产品和环境测试)以及追溯。也许是时候换一种新型号了。也许凳子的三只脚不应该全部承受相等的重量-至少并非在每次爆发中都如此。它适用于教堂的晚餐模式;当多种类型的食物是同一污染物的媒介时,则无法使用。我们是否应该更多地依赖WGS来将调查人员线索到某个地区或根本原因上?

当然,有些事情我们还不知道。像:不同序列在地理上如何分散?它们发展的速度有多快? “相关”或“难以区分”是什么意思……是基于等位基因或单核苷酸多态性(SNP)?基因组某些区域的变化是否比其他区域更有意义?哪些环境变化“唤醒”了通常处于半休眠状态的稳定病原体库?

如果我们知道病原体一直在我们身边徘徊,徘徊在检测极限以下,该怎么办?但是,如果某个特定的WGS确实生活在各处,该怎么办?还是由于鸟类,牛,其他动物或其他媒介的运输而四处走动?我们将如何解决疫情?

也许我们不会。在某些情况下,WGS可能会是一个红色鲱鱼,或者至少是一条不太有用的信息。

当前的暴发方法通常遵循以下顺序:人们生病,接受采访以及对可疑食物进行追溯。如果不是将流行病学用作调查的第一步,而是将其用作验证工具,将会发生什么?

一种新的模式也许看起来像这样:人们生病; WGS在隔离株上进行;对该WGS(或其亲属)的先前记录进行了调查,并与该地区的产品相匹配;靴子放在地上,测试一下所有东西(水,土壤,产品等)的硬度;然后流行病学和追溯作为验证。

当我们拥有更新的技术时,我们无需等待患者的采访。使用患者的食物历史来对可疑食物进行三角剖分,需要足够的病人生病才能确定患病者的共同点-即使只有一个食物也是如此。 WGS得当使用且不会盲目下结论,可以为爆发提供早期见解和方向,而使用旧的爆发调查方法可能难以解决爆发。